2.20 Panama / Appuntamento a Panama

All'aeroporto T-Bag riesce a recuperare lo zaino con il denaro e a scappare su un taxi nonostante venga inseguito da Bellick e Sucre. Michael chiama Sara e le dice che, viste le dimissioni del Presidente Reynolds, sono costretti ad imbarcarsi su un cargo diretto a Panama. La ragazza però si rende conto di essere seguita dai federali e per non far arrestare Michael e Lincoln, si sacrifica costituendosi.
Una settimana dopo. Mahone, rinchiuso nella sua abitazione, cerca di interpretare gli indizi che ha a sua disposizione per rintracciare Michael. A C-Note viene proposta la riduzione della pena a 18 mesi in cambio della sua testimonianza contro Mahone, ma l'uomo non accetta; Sullens gli offre allora la grazia e l'inserimento nel Programma Testimoni: l'ex-fuggitivo a questo punto accetta. Analizzando gli schizzi originali dei tatuaggi recuperati nell'hard-disk, Mahone intuisce che le fasi della fuga hanno un ordine ben preciso: l'ultima è rappresentata da un Cristo inscritto in una rosa sul cui gambo sono segnati i numeri 617. Bellick e Sucre cercano di rintracciare T-Bag. Il fuggitivo intanto è in un hotel assieme a una prostituta che si diverte a chiamare Susie-Q; quando la donna gli chiede anticipatamente altro denaro per l'ora successiva e non ottenendolo definisce "puttana" Susan, l'uomo reagisce strangolandola. Michael e Linc sono arrivati a Panama, nei pressi di Cristobal, e Michael dice che dovranno incontrare qualcuno per proseguire nel loro piano. Mahone, intanto, comprende che il disegno alludeva alla madre dei fratelli, Christina Rose Scofield e pensa che in realtà non sia morta. Michael si reca nel negozio della signora Vasquez e la donna gli indica dove potrà trovare Christina Rose. Prima di allontanarsi, Michael tenta di telefonare a Sara ma viene fermato da Lincoln. Poco dopo i due hanno un'accesa discussione che si conclude con una scazzottata. Mr. Kim si incontra su una barca col misterioso Pad Man: l'uomo si informa degli ultimi sviluppi e, dopo aver saputo che probabilmente i due fratelli sono a Panama, gli chiede se è a conoscenza di Sona e gli dice che è necessario un cambio di strategia. Mentre Mahone ha un ultimo confronto con l'agente Wheeler, C-Note può finalmente ricongiugersi alla sua famiglia. Mr. Kim fa visita a Mahone e gli dice che T-Bag è stato arrestato in Messico, ma che c'è stato un cambio di strategia e che dovrà recarsi a Panama. Poco dopo l'agente viene contattato anche da Lang la quale gli riferisce che Christina Rose è il nome di una barca; nello stesso momento Michael e Linc si avvicinano all'imbarcazione. Sucre viene a sapere dall'impiegato dell'agenzia del turismo che un uomo, col nome usato da T-Bag, si è appena imbarcato su un aereo diretto a Panama. A Panama infatti l'uomo, sotto lo sguardo di un agente della Compagnia, sta vivendo da "uomo libero", intrattenendosi con alcune prostitute. Ormai sulla Christina Rose, Michael e Linc controllano il sito Europeangoldfinch.net e leggono un messaggio scritto apparentemente da Sucre che gli riferisce che T-Bag è a Panama. Michael, deciso a farlo tornare in carcere, risponde a Sucre che si vedranno presto. Michael però non sa che in realtà a contattarlo è stato Mahone.