2.14 John Doe / Nessuna identità

Kellerman, Michael e Lincoln fuggono dal tunnel mentre le forze dell'ordine tentano di catturarli e Mahone giace ferito privo di sensi sulle scale. Michael chiede chi sia e Kellerman gli spiega che in passato ha lavorato per il Presidente; Lincoln ricorda che l'agente dei Servizi Segreti ha tentato di ucciderlo e, dopo aver portato fuori strada l'automobile, gli punta contro la pistola. Kellerman però gli dice è l'unica persona che può aiutarli perché sa dove si trova Terrence Steadman. Al Fox River intanto Bellick deve affrontare i soprusi degli altri carcerati, in particolare di un detenuto che pretende il suo dessert. T-Bag tenta di avvicinarsi a Susan ma la donna è terrorizzata e tenta di lasciar fuori i suoi figli; questi però, all'oscuro della reale identità dell'uomo, si mostrano entusiasti nel rivederlo. Kellerman affitta un piccolo aereo e porta con sè i due fratelli nel Montana, a Blackfoot, dove si trova Steadman. C-Note continua la sua fuga assieme la piccola Dede: è però arrivato il giorno del processo della moglie e contatta così un suo amico dicendo che è pronto a costituirsi. L'amico però, dopo averlo informato che è stata negata la cauzione, gli dice che la moglie vuole che continui la sua fuga piuttosto che farsi arrestare e costringere le autorità ad affidare Dede ai servizi sociali. Mahone, ricoverato nell'ospedale di Albuquerque, si riprende abbastanza rapidamente poiché il proiettole della pistola di Kellerman non ha toccato nessun organo. Contattato da Kim, gli dice che ha deciso di rimanere fuori dalla Compagnia. Poco dopo però l'agente viene informato dalla ex-moglie Pam che il loro figlio è stato investito e l'agente dei Servizi Segreti gli fa capire che l'incidente non è avvenuto per caso. Kim viene a sapere che Kellerman è diretto a Blackfoot e ordina quindi che Steadman venga immediatamente trasferito. Arrivano però sul luogo Kellerman, Michael e Lincoln che, dopo una sparatoia con gli agenti dei Servizi Segreti, riescono a portar via l'uomo. I figli della Hollander si rendono che T-Bag non è propriamente lo "zio Teddy" e così l'uomo dopo averli minacciati con una pistola li lega a delle sedie, desideroso di portare a termine la sua vendetta. Kellerman spiega a Michael e Linc che non esiste alcuna prova che l'uomo che è con loro sia Terrence Steadman perché i Servizi Segreti hanno fatto in modo di eliminare tutte le prove che possano essere utili ad una identificazione. L'unica soluzione è quella di andare a Washington. Bellick si ribella agli altri detenuti ma viene avvertito da Stokes che durante la notte verrà prelevato da alcune guardie corrotte. Mahone dice a Kim che riprenderà il proprio lavoro ma nel frattempo l'uomo ha già messo in atto la sua vendetta uccidendo l'agente biondo responsabile dell'incidente del figlio. Michael decide di chiamare un'emittente televisiva e di rivelare al popolo americano la verità sul fratello del Presidente. Steadman però non vuole assolutamente essere coinvolto e, in preda al panico, dapprima minaccia di uccidere Kellerman, Michael e Linc, poi punta la pistola contro di sè uccidendosi.