2.01 Manhunt / Caccia all'uomo

Sono passate otto ore dalla fuga e Michael, Lincoln, Sucre, C-Note e Abruzzi tentato di sfuggire alle guardie che li inseguono. Al Fox River intanto, giunge il brillante agente dell'FBI Alexander Mahone che poco dopo tiene una conferenza stampa rassicurando gli americani che i fuggitivi sono i massimi ricercati nel Paese e che saranno catturati nel più breve tempo possibile. Le condizioni di Sarah appaiono critiche in seguito all'overdose; tuttavia, la mattina seguente si risveglia dal coma e viene a sapere che è coinvolta nelle indagini sull'evasione. Veronica si confronta con Terrence Steadman e lo convince che la cosa migliore sia quella di uscire allo scoperto chiamando la polizia. T-Bag, messa la mano tagliata in un frigo da viaggio, si reca presso un medico veterinario della zona con l'intenzione di farsela riattaccare. Anche fuori dal carcere, Michael riesce a prendersi gioco delle guardie: l'unico che però sembra tenergli testa e capire le sue mosse è l'agente dell'FBI che esaminando le foto dei suoi tatuaggi a poco a poco cerca di ricomporre il suo piano all'interno e, soprattutto fuori il Fox River, il piano cioè che ha costruito per andare a Panama. Lincoln telefona a Veronica: in quel momento bussa alla porta della casa-bunker di Steadman un gruppo di uomini vestiti di nero che anziché aiutare la ragazza, la uccide immediatamente e si sbarazza subito dopo del suo corpo.